Dewasa ini, penggunaan cloud computing dalam bidang e-health (e-health cloud) semakin meningkat. Karakteristik data dalam e-health cloud yang kritis, menyebabkan infrastuktur ehealth cloud rentan terhadap intrusi. Pada penelitian ini dilakukan simulasi deteksi intrusi(Intrusion Detection System) signature-based dan anomaly-based menggunakan teknik multithread. Tujuan dari penelitian ini adalah mendapatkan perbandingan kinerja antara kedua sistem deteksi intrusi tersebut pada saat terjadi serangan syn flood. Implementasi deteksi intrusi untuk model e-health community cloud Indonesia dilakukan pada mesin virtual dan simulasi serangan dilancarkan oleh tiga attacker. Hasil simulasi menunjukkan bahwa metode deteksi intrusi anomaly-based lebih baik dibandingkan dengan metode signature-based. Hal ini dibuktikan dengan trafik masuk jaringan anomaly-based lebih besar 26% dan trafik keluar jaringan lebih besar 17% dibandingkan dengan deteksi intrusi menggunakan signature-based pada saat kondisi serangan syn flood oleh attacker.