Latar Belakang: Banjir sering kali menjadi masalah bagi masyarakat Jakarta saat musim hujan tiba, salah satunya dapat menjadi tempat pertumbuhan Leptospira yang dapat menyebabkan penyakit leptospirosis. Jumlah kasus leptospirosis mengalami peningkatan dari tahun ke tahun sejak tahun 2006. Leptospira dapat bertahan hidup di air tawar selama 16 hari dan Leptospira yang berada di air tersebut dapat menginvasi secara langsung kedalam jaringan kulit manusia. Salah satu cara untuk mendeteksi Leptospira dari kultur sampel lingkungan adalah dengan mendeteksi gen rrl menggunakan teknik PCR. Islam telah mengajarkan umatnya agar memanfaatkan ilmu dan sarana teknologi untuk kemaslahatan manusia. Tujuan: Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keberadaan Leptospira pada sampel air dari daerah rawan banjir Jakarta dengan deteksi gen rrl Leptospira menggunakan PCR. Metode: Penelitian ini bersifat deskriptif analitik dengan teknik simple random sampling. Target sampel berupa air yang diambil dari wilayah rawan banjir DKI Jakarta. Identifikasi strain Leptospira dari kultur sampel selama satu bulan dilakukan dengan mengamati bakteri spiral menggunakan mikroskop lapang gelap, kemudian dikonfirmasi dengan pemeriksaan PCR untuk mendeteksi gen rrl. Hasil dan Simpulan: Hasil deteksi gen rrl Leptospira dengan teknik PCR pada sampel yang berasal dari air menunjukkan hasil yang negatif, yang berarti bahwa tidak terdapat Leptospira pada sampel. Dalam pandangan Islam, mendeteksi gen rrl Leptospira dengan teknik PCR diperbolehkan karena penelitian tersebut sesuai dengan prinsip Islam mengenai pengembangan ilmu dan teknologi.