Latar Belakang : Leptospirosis adalah penyakit infeksi tropis yang disebabkan oleh bakteri Leptospira. Tanah merupakan salah satu media yang berperan dalam penyebaran Leptospira. Bakteri Leptospira dapat tertinggal di tanah dan menyebabkan tanah menjadi salah satu sumber sarana penyebaran bakteri, khususnya bakteri Leptospira. Teknik PCR dapat mendeteksi gen FlaB yang dapat membedakan bakteri Leptospira patogen dengan Leptospira saprofit. Tujuan : Untuk mendeteksi Leptospira pathogen yang mengandung gen Fla-B dari Isolat Kultur Leptospira Positif Sampel Tanah di Beberapa Wilayah Jakarta. Metode : Jenis penelitian ini adalah penelitian deskriptif analitik. Sampel berasal dari isolat kultur positif Leptospira yang telah diperiksa dengan menggunakan mikroskop lapang gelap. Lalu dilakukan pemeriksaan PCR gen Fla-B yaitu positif atau negatif adanya bakteri Leptospira. Hasil : Hasil identifikasi dengan mikroskop lapang gelap didapatkan 10 sampel yang positif ditemukan bakteri berbentuk spiral. Konfirmasi dengan PCR pada sepuluh sampel tersebut tidak memperlihatkan band 749 basepair gen Fla-B, hal tersebut menunjukan negatif gen FlaB pada semua sampel. Kesimpulan : Sampel tanah yang telah di ambil dari beberapa wilayah di Jakarta tidak terdapat bakteri Leptospira pathogen. Dari pandangan Islam, menjaga sumber daya alam merupakan hal yang wajib dilakukan oleh manusia yang telah diberikan akal untuk berfikir oleh Allah. Dan Islam juga mengatakan bahwa penggunaan genetika dalam penelitian boleh dilakukan asal menggunakan gen-gen tumubuhan ataupun hewan.